Babası Muhammed Taki, anası Semanet’dir.Dört oğlu olmuştur Kendisinden sonra Büyük oğlu Hasanü’l –askeri İmam olmuştır
Ali Naki zamanında Mütevekkil ,Muntasar Mustain veMutezzin halife olmuşlardır. Mütevekkil alabildiğine zevkine düşkün sadist birisi idi İmam Hüseyin’in Türbesini Şam’a nakletmeye kalkışmıştı. İmam Ali Nakiyi Irak’a davet etmişti.zorla götürülmesini önlemek için daveti kabul ederek Irak’a gelerek Samarra kentine yerleşti.Samarra Türk askerlerinden oluşan bir ordugahtı.Türk komutan Vasıf , halifenin adamlarına İmam Ali Naki’ye kötülük yapıldığında kendilerini sorumlu tutacaklarını söyleyerek muhtemel bir suikastı önlemişlerdi.Mütevekkeil Türk komutan Vasıf’ın yaptığı bir darbe sonucu öldürüldü.
Yerine geçen oğlu Muntasar’da bir yıl geçmeden Öldürüldü Onun yerine geçen Mustain ,Mütevekkilin oğlu Mutezzin tarafından katledildi. Mutezzin’in de Salih bin Vasıf tarafından öldürüldü
Bu çalkantılı dönemlerde İmam Ali Naki sakin ve tertemiz yaşantısınısürdürmüş ,bilimle ve kitaplarla meşgul olmuştur.
Türbesi Irak samarra kentindedir.